Trước khi Pháp mở rộng, Kayes là một ngôi làng nhỏ. Vị trí của nó trên con đường của Đường sắt Dakar-Nigeria trong tương lai, và nhu cầu của Pháp đối với các trung tâm thương mại, dẫn đến việc thành lập thị trường chợ Kayes vào năm 1881. Nó vẫn là một trung tâm vận tải, chủ yếu cho thương mại Sénégal, cho đến ngày nay. Năm 1892, Kayes trở thành thủ đô của Sudan thuộc Pháp; Bamako đã thay thế nó thành thủ đô, đầu tiên là Haut Sénégal-Niger vào ngày 17 tháng 10 năm 1899, sau đó trở thành thủ đô của tất cả Sudan thuộc Pháp vào năm 1908.